Tijdens de oorlogsjaren in Londen werden de eerste symptomen merkbaar van de chronische leukemie die Baertsoen in 1922 het leven zou kosten. Een verslechterende gezondheidstoestand, en het gewicht van een lange, vernietigende oorlog, maakten dat hij geleidelijk aan neerslachtig en teruggetrokken werd. In februari 1919 noteerde hij in zijn eerste testament dat er na zijn dood geen tentoonstelling van zijn werken meer zou mogen plaatsvinden, hij verlangde enkel ‘le silence et l’oubli’. Toch vond hij na zijn terugkeer in Gent nog even de kracht om weer aan het werk te gaan en schilderde hij, in verschillende versies, De daken van Gent